No entanto, nesse mesmo ano, uma série de problemas climáticos e econômicos geraram conflitos internos e a Frente Patriótica Ruandesa (RPF), dominada por tútsis refugiados nos países vizinhos lançou ataques militares contra o governo hutu, a partir de Uganda. O governo militar de Juvénal Habyarimana respondeu com programas genocidas contra os tútsis. Em 1992 foi assinado um cessar-fogo entre o governo e a RPF em Arusha, Tanzânia.
Em 6 de Abril de 1994, Juvénal Habyarimana e Cyprien Ntaryamira, o presidente do Burundi, foram assassinados quando o seu avião foi atingido por fogo quando aterrissava em Kigali. Durante os três meses seguintes, os militares e milicianos ligados ao antigo regime mataram cerca de 800 000 tútsis e hutus oposicionistas, naquilo que ficou conhecido como o Genocídio de Ruanda. Entretanto, a RPF, sob a direção de Paul Kagame ocupou várias partes do país e, em 4 de Julho entrou na capital Kigali, enquanto tropas francesas de manutenção da paz ocupavam o sudoeste, durante a “Opération Turquoise”.
Ainda trabalha-se para julgar os culpados pelo massacre de Ruanda. Até 2001, 3 mil foram julgados, com 500 penas máximas.
Paul Kagame ficou como vice-presidente e Pasteur Bizimungu como presidente mas em 2000 os dois homens fortes entraram em conflito: Bizimungu renunciou à presidência e Kagame ficou como presidente. Em 2003, Kagame foi finalmente eleito para o cargo, no que foram consideradas as primeiras eleições democráticas depois do genocídio. Entretanto, cerca de 2 milhões de hutus refugiaram-se na República Democrática do Congo, com medo de retaliação pelos tútsis. Muitos regressaram, mas conservam-se ali milícias que têm estado envolvidas na guerra civil daquele país.
Dois filmes ajudam a entender a amplitude do conflito e a interferência internacional durante a formação, o decorrer e o fim do Genocídio, o primeiro é "Hotel Ruanda", que conta a história de um hoteleiro chamado Paul Rusesabagina, que enfrenta a difícil tarefa de defender sua família e amigos tútsis, da repressão hutu, e acaba por abrigar diversos refugiados, em miséria e pavor, em seu hotel antes destinado aos turistas e missionários na região. A história é baseada em acontecimentos reais. O segundo filme, "Aperte as mãos do diabo", é uma adaptação da autobiografia do general Romeo Dallaire. O filme conta a jornada de Dallaire no genocídio de 1994 em Ruanda, e de como seu pedido de mais ajuda à Organização das Nações Unidas foi ignorado. Uma curiosidade é que ambos os filmes destacam a tentativa estado-unidense, apoiada pelos britânicos, de impedir a veiculação do termo genocídio, o qual obrigaria uma intervenção internacional com a participação tanto dos EUA, quanto do Reino Unido. No dia 29 de novembro de 2009, Ruanda foi admitida como a 54.ª nação-membro da Comunidade das Nações, sendo a segunda sem ligações históricas com o Reino Unido a ingressar no grupo.